El nucli de Vilanova de Banat és documentat des de l’any 840 i l’església apareix documentada a l’acta de consagració de la Seu d’Urgell que data del segle X.
Les esglésies de Vilanova, Sant Romà de Banat i Sant Iscle de Vilanova, s’esmenten explícitament en una donació l’any 1030.
Amb la refundació del nou assentament de Vilanova de Banat, l’any 1255, l’església de Sant Romà de Banat es converteix en sufragània de l’antiga església de Vilanova, la qual deixarà de figurar com a Sant Iscle i esdevindrà la parroquial. L’advocació de Santa Cecília apareix l’any 1312 en la relació d’esglésies visitades per l’arquebisbe de Tarragona a la diòcesi d’Urgell.
En les visites pastorals dels anys 1515, 1575 i 1785 figura l’església parroquial de Santa Cecília de Vilanova de Banat, que tenia com a sufragànies les esglésies de Sant Romà de Banat i Sant Miquel de la casa de Sant Miquel.
Actualment l’església de Santa Cecília és supeditada a l’església parroquial d’Alàs.
La porta està situada a la façana oest. A la pedra clau de l’arc de la porta hi ha un gravat d’una pila de pedres que sembla pertanyen a la signatura notarial del rector Ciprià Montanya. Fou rector de Vilanova entre 1662 i 1675 i les inicials gravades CMR devien ser les seves. Abans de Vilanova era rector d’Andorra la Vella i va venir a Vilanova al morir el seu oncle Pere Montanya que era el rector anterior.
La construcció de l’església actual la va iniciar el seu oncle Pere Montanya i ell la va acabar. Ciprià Montanya es enterrat dins l’església.
L’església de Santa Cecília de Banat està catalogada com a Bé Cultural d’Interès Local.
Rodejada i lligada entre les cases i carrerons del poble està completament integrada dins les cases que l’envolten.
